Vattenbruk och specifikt odling av fisk är en bransch som omfattas av många olika regelverk och det är flera olika myndigheter som ansvarar för tillstånd, registrering, kontroll och tillsyn. 
På Svenskt vattenbruks webbportal finns de viktigaste regelverken och myndigheterna listade som berör vattenbruket.
Jordbruksverket har tillsammans med Tillväxtverket och Livsmedelsverket tagit fram en tillståndsguide och checklista för de som vill starta vattenbruk. Checklistan finns på verksamt.se och ska hjälpa till att ge en  en överblick över vilka myndighetskontakter som behöver tas.